基于質譜的蛋白鑒定和表征策略是，蛋白質從生物樣本中提取出來后采用自下而上或者自上而下的分析方法。前者，復雜混合物中的蛋白質通過酶解后可以被多肽指紋質譜直接采集或者進一步在線分離后經串聯質譜分析。而鳥槍法是將蛋白質混合物完全酶解為大量肽段后，運用多維度液相分離后經串聯質譜分析。后者，復雜的蛋白質混合物經由分級純化為單一蛋白質組分或者較為簡單的蛋白質混合物，隨后離線打入質譜中進行完整蛋白測量和碎裂分析。現在，科學家們常常采用在線的液相質譜技術進行大隊列蛋白質組學鑒定。
經典自下而上質譜蛋白質組分析策略：
l 鳥槍法，亦稱發現蛋白質組。其產生的數據庫能夠進行生物樣本中龐大數量的蛋白質鑒定，針對較高豐度的蛋白質分析重現性非常好。
l 相比發現蛋白質組方法，明確方向地鑒定、定量分析特定的預定蛋白質組，方法重現性更佳。
l 靶向蛋白質組以更高檢測靈敏度和動態范圍定量分析預先選定的小片段蛋白質組。
l 采用DIA分析的質譜儀器，使得鑒定樣本中所有蛋白質成為可能。
